Billy Álvarez también enfrenta a nivel federal una orden de captura por los delitos de delincuencia organizada y operaciones con recursos de procedencia ilícita, la cual una vez que sea cumplimentada deberá ser ingresado en el penal de máxima seguridad del Altiplano, en el Estado de México.

A finales de agosto, Álvarez Cuevas promovió un amparo contra la nueva orden de localización y aprehensión que giró en su contra un juez de control del Sistema Procesal Penal Acusatorio de la Ciudad de México por el delito de administración fraudulenta, por lo que se ordenó su búsqueda a la Fiscalía General de Justicia de la capital del país.

El mandamiento judicial fue librado el pasado 24 de agosto, donde también se pide la localización y detención de nueve personas más.

El 2 de junio de este año miembros del Consejo de Administración en funciones de la cooperativa acusaron a Guillermo Álvarez. Los denunciantes lo responsabilizaron de crear un fideicomiso sin contar con las facultades legales ni la autorización en asamblea de socios.

Contra Billy Álvarez existe una ficha roja emitida por Interpol, debido a que así lo solicitó la Fiscalía General de la República (FGR) derivado de la orden de aprehensión librada por un juez federal por los delitos de delincuencia organizada y lavado de dinero. Además, es buscado en 195 países.